El Sistema Vidyaraja comprende cinco grandes ciencias espirituales y prácticas —Yoga, Ayurveda, Jyotish, Vastu y Tantra— entendidas no como disciplinas independientes ni como compartimentos separados del conocimiento, sino como expresiones complementarias de una única visión del ser humano y del Cosmos. Cada una contempla una dimensión específica de la existencia: el Yoga integra y transforma la totalidad de la persona; el Ayurveda armoniza el cuerpo, la vitalidad y la mente; el Jyotish estudia los ritmos del tiempo, el Karma y las potencialidades inscritas en la vida; el Vastu ordena el espacio y la relación del ser humano con su entorno; y el Tantra transforma la percepción ordinaria mediante el lenguaje sagrado de los Budas, los Mandalas, los Mantras, las Mudras y las prácticas contemplativas. Estas cinco ciencias constituyen conjuntamente un Mandala de conocimiento cuyo propósito no es acumular información, sino conducir al practicante hacia una vida íntegra, consciente, armónica y orientada al Despertar. Dentro del Sistema Vidyaraja, esta estructura encuentra su expresión simbólica en los Cinco Budas de la Sabiduría, no porque las escrituras budistas tradicionales establezcan literalmente una identificación histórica entre cada una de estas ciencias y un Buda determinado, sino porque las cualidades espirituales de las Cinco Familias Búdicas permiten expresar, de manera doctrinal y contemplativa, las funciones esenciales que cada ciencia desempeña dentro del camino.
En el centro de este Mandala se encuentra Mahavairocana (Dainichi Nyorai), el Gran Buda Cósmico, asociado al Vidyaraja Yoga. Esta correspondencia expresa el carácter fundamental del Yoga dentro de todo el sistema. El Yoga no constituye solamente una disciplina corporal ni un conjunto de ejercicios respiratorios y meditativos, sino la ciencia de la integración total del ser humano. Mediante el cuerpo, la respiración, la mente, la disciplina ética, la contemplación y el Dharma, el practicante busca reconciliar las múltiples dimensiones de su existencia hasta descubrir que aquello que parecía fragmentado participa en realidad de una única totalidad. Mahavairocana simboliza precisamente esta dimensión central y universal: el Dharmadhatu, la Realidad que incluye y penetra todos los fenómenos, la totalidad cósmica en la cual cuerpo y mente, materia y consciencia, individuo y Universo dejan de aparecer como entidades absolutamente separadas. De esta manera, el Vidyaraja Yoga ocupa el centro del sistema porque constituye su eje integrador: Ayurveda, Jyotish, Vastu y Tantra no son ciencias exteriores al Yoga, sino vías especializadas mediante las cuales la integración yóguica se extiende al cuerpo, al tiempo, al espacio y a la percepción sagrada. El Yoga representa así el retorno constante al Centro, a la unidad de cuerpo, palabra y mente, y a la realización de que el microcosmos humano participa de la misma naturaleza que el Macrocosmos.
A Akshobhya (Ashuku Nyorai), Buda del Este y símbolo de la estabilidad inquebrantable, así como a Bhaisajyaguru (Yakushi Nyorai), el Buda de la Medicina, corresponde el Vidyaraja Ayurveda. Akshobhya representa la Sabiduría semejante a un Espejo, aquella consciencia clara que refleja los fenómenos sin distorsión, sin agitación y sin reacción compulsiva. Esta cualidad expresa con particular precisión la finalidad del Ayurveda, cuya tarea fundamental consiste en restaurar el equilibrio allí donde la vida ha sido perturbada. El organismo humano existe como una compleja red de fuerzas, tejidos, procesos metabólicos, energías vitales, estados mentales y hábitos cotidianos; cuando estas relaciones pierden su armonía aparecen el desequilibrio, la debilidad y la enfermedad. El Ayurveda no crea artificialmente la salud desde fuera, sino que procura restablecer las condiciones mediante las cuales el cuerpo y la mente pueden retornar a su propia capacidad reguladora. Akshobhya encarna, por tanto, la dimensión de firmeza, claridad y equilibrio necesaria para toda verdadera terapéutica. La asociación tradicional del Oriente con la medicina budista, especialmente a través de la figura de Bhaiṣajyaguru, Yakushi Nyorai, refuerza asimismo esta orientación simbólica, aunque sin confundir ambas figuras doctrinalmente. En el Mandala de las Cinco Ciencias, Ayurveda representa así la ciencia mediante la cual el practicante aprende a purificar, nutrir y equilibrar el vehículo corporal que sostiene la práctica del Dharma.
A Ratnasambhava (Hosho Nyorai), Buda del Sur y Señor de la Familia de la Joya, corresponde el Vidyaraja Vastu. Ratnasambhava se relaciona con la tierra, la abundancia, la generosidad, la estabilidad material y la Sabiduría de la Igualdad. En él se expresa la capacidad de reconocer el valor inherente de todos los fenómenos y de convertir la relación con la materia en una forma de participación consciente en el orden del Cosmos. Esta función armoniza de manera natural con el Vastu, la ciencia del espacio habitado, la orientación, las formas, los terrenos, las construcciones y la relación entre el ser humano y el ambiente que sostiene su existencia. Una casa, un templo, un jardín o un lugar de trabajo no constituyen espacios neutrales: participan de relaciones de dirección, circulación, luz, proporción, naturaleza y actividad humana que pueden favorecer o dificultar la estabilidad y la armonía. El Vidyaraja Vastu busca transformar el espacio cotidiano en un espacio consciente, ordenado como reflejo del Mandala universal. Bajo Ratnasambhava, el espacio deja de ser simplemente propiedad y se convierte en territorio sagrado de interdependencia, mientras que la prosperidad deja de significar acumulación para convertirse en la adecuada disponibilidad de recursos que permiten sostener la vida, la familia, la comunidad, la práctica y la generosidad. Vastu representa así la ciencia mediante la cual el practicante aprende a habitar correctamente el mundo.
A Amitabha (Amida Nyorai), Buda del Oeste y Señor de la Luz y la Vida Infinita, corresponde el Vidyaraja Tantra. Su Sabiduría Discriminativa permite reconocer las cualidades particulares de cada fenómeno sin perder la visión de su pertenencia a una totalidad mayor. Esta función resulta profundamente apropiada para el Tantra, cuyo lenguaje espiritual se construye precisamente mediante una multiplicidad extraordinariamente precisa de formas sagradas. En el Tantra, cada Buda, Bodhisattva o Vidyaraja posee atributos específicos; cada Mandala organiza una geografía espiritual determinada; cada Mantra articula sonidos consagrados; cada Mudra expresa una función; cada color, dirección, elemento, semilla silábica y visualización constituye un signo dentro de una gramática de transformación de la consciencia. La Sabiduría de Amitabha permite contemplar estas diferencias sin reducirlas a fragmentos desconectados. De esta manera, el Tantra transforma la multiplicidad simbólica en un camino de contemplación y realización. Su propósito no es multiplicar rituales externos, sino enseñar al practicante a reconocer las formas iluminadas que subyacen a la percepción ordinaria. Allí donde la mente común contempla únicamente objetos separados, el Tantra revela un Mandala de actividad búdica. Allí donde la palabra común produce confusión, el Mantra la transforma en vehículo de concentración y presencia. Allí donde el cuerpo parece únicamente materia, la Mudra y la postura ritual lo convierten en expresión de la forma iluminada. Amitabha representa así la luz del discernimiento que hace posible reconocer y contemplar la riqueza infinita de las manifestaciones del Dharma.
A Amoghasiddhi (Fukujoju), Buda del Norte y personificación de la Sabiduría de la Acción que Todo lo Realiza, corresponde el Vidyaraja Jyotish. Esta asociación comprende el Jyotish no solamente como una ciencia descriptiva de los cuerpos celestes, sino como una disciplina destinada a comprender la relación entre tiempo, causalidad, Karma, oportunidad y acción consciente. La carta natal, los ciclos planetarios, los tránsitos y las configuraciones celestes no deben concebirse como un mecanismo fatalista que determine inexorablemente la vida humana, sino como representaciones de tendencias, condiciones, capacidades y circunstancias dentro de las cuales el individuo ejerce su voluntad, cultiva el Dharma y transforma su Karma. Amoghasiddhi simboliza precisamente la dimensión activa de la Sabiduría: no basta comprender, es necesario saber actuar. El conocimiento verdadero culmina en conducta correcta, elección adecuada y realización eficaz. Bajo esta perspectiva, Jyotish se convierte en una ciencia de orientación dentro del tiempo. Permite reconocer momentos de expansión y contracción, tendencias personales, desafíos kármicos, oportunidades dhármicas y ritmos de transformación, no para someterse pasivamente a ellos, sino para responder con mayor lucidez. Amoghasiddhi expresa así la capacidad de convertir conocimiento en realización y potencial en acción significativa.